PROLOG
Genua in der Mitte des 14. Jahrhunderts. Es ist Nacht. Vor dem Palast der Fieschi vereinbaren der Handwerker Paolo Albiani und der Vertreter der Volkspartei Pietro, den Korsar Simon Boccanegra in das Amt des »Abate« (Volksabt) wählen zu lassen. Simon Boccanegra wird von Paolo überredet, dem Plan zuzustimmen: Niemand könne dem Korsar die Ehe mit der Patriziertochter Maria Fiesco verweigern, wenn dieser schließlich zum Dogen aufgestiegen sein wird! Paolo und Pietro schwören anschließend die Volksmenge auf die Wahl Simon Boccanegras ein.
Als alle sich entfernt haben, kommt Jacopo Fiesco klagend aus dem Palast, in dem so eben seine Tochter Maria verstorben ist. In der Hoffnung auf eine baldige Hochzeit mit Maria kommt Boccanegra zurück. Er bittet Fiesco um Verzeihung und Frieden, doch der lehnt schroff ab. Nur wenn Boccanegra ihm das Kind aus der ungesegneten Verbindung mit Maria überlassen könne, wäre er zur Versöhnung bereit. Boccanegra muss gestehen, dass das Kind spurlos verschwunden ist. Fiesco wendet sich hasserfüllt ab, beobachtet aber, wie Boccanegra in den Palast geht, wo er den Leichnam Marias findet. Während Boccanegra entsetzt aufschreit, läuft das Volk zusammen und ruft ihn zum Dogen aus.
ERSTER AKT
25 Jahre später. Im Morgengrauen blickt Amelia Grimaldi gedankenverloren über das Meer, doch hört sie schon bald die Stimme ihres Geliebten, Gabriele Adorno, der zu ihr kommt. Sorgenvoll stellt sie ihn zur Rede, weil er sich an einer Verschwörung gegen den Dogen Simon Boccanegra beteiligt. Als ihr der Besuch des Dogen angekündigt wird, der für seinen Günstling Paolo um ihre Hand anhalten will, beschließen Amelia und Gabriele, möglichst bald zu heiraten. Gabriele bittet Andrea, der in Wahrheit Jacopo Fiesco ist, um die Einwilligung zur Hochzeit und erfährt, dass seine Geliebte eine unbekannte Waise ist, die als Grimaldi-Tochter ausgegeben wird, um das Vermögen der verbannten Familie vor dem Zugriff des Dogen zu schützen. Gabriele bekräftigt, sie dennoch heiraten zu wollen, und Andrea segnet ihn.
Boccanegra überbringt Amelia die schriftliche Begnadigung der Grimaldi-Brüder. In der Hoffnung, er werde vom Plan einer Heirat mit Paolo Abstand nehmen, enthüllt sie ihm im vertraulichen Gespräch, dass sie keine Grimaldi ist, sondern als Waise von einer alten Frau in einer Hütte aufgezogen wurde. Boccanegra erkennt, wen er vor sich hat – Vater und Tochter umarmen sich.
Beim Weggehen befiehlt Boccanegra dem wartenden Paolo, jede Hoffnung auf eine Heirat mit Amelia Grimaldi aufzugeben. Wütend beschließt Paolo daraufhin, Amelia entführen und bei einem gewissen Lorenzino verstecken zu lassen.
Im Ratssaal in Genua bittet der Doge erfolglos um Zustimmung zum Frieden mit Venedig. Plötzlich wird draußen ein Volksaufstand hörbar, bei dem Gabriele Adorno von der Menge gejagt wird. Die Aufregung überträgt sich auf die gegnerischen Ratsparteien, doch Boccanegra zwingt alle zur Ruhe und lässt durch einen Herold das Volk besänftigen und in den Saal bringen. Die Menge führt Adorno herein, der den Mord an Lorenzino zugibt und Boccanegra verdächtigt, Auftraggeber der Entführung zu sein. Plötzlich taucht Amelia im Saal auf, die von Lorenzino frei gelassen wurde, noch bevor Adorno zu ihm kam. Sie deutet an, den wahren Auftraggeber ihrer Entführung zu kennen. Wieder bricht heftiger Streit zwischen den Parteien aus. Boccanegra hält eine bewegende Rede, in der er zu Frieden und Liebe aufruft. Schließlich zwingt er Paolo, öffentlich den Unbekannten zu verfluchen, der für die Entführung verantwortlich ist.
ZWEITER AKT
Im Dogenpalast gibt Paolo Befehl, die vermeintlichen Anführer des Aufstands, Gabriele Adorno und Jacopo Fiesco, dessen falsche Identität als Andrea ihm bekannt ist, zu ihm zu bringen. Dann mischt er Gift in das für den Dogen bestimmte Trinkwasser. Als Fiesco da ist, stellt er ihm den Sieg der Aufständischen in Aussicht, wenn er bereit sei, den Dogen im Schlaf zu ermorden. Fiesco lehnt empört ab und wird zurück ins Gefängnis geschickt. Dem erregten Adorno erklärt Paolo daraufhin, Amelia wohne als Geliebte des Dogen im Palast, dann lässt er ihn allein und schließt ihn ein. Eifersüchtig bangt Adorno um Amelias Unschuld, bis sie plötzlich selbst herein kommt. Sie gesteht, den Dogen zu lieben, beteuert aber gleichzeitig ihre Keuschheit. Bevor der Doge selbst den Raum betritt, versteckt sie Gabriele, dann berichtet sie Boccanegra von ihrer Liebe zu Adorno. Obwohl der ein Feind Boccanegras ist, deutet der Doge an, ihn zu begnadigen, als er die heftige Liebe der Tochter zu dem jungen Mann erkennt. Dann schickt er sie weg, trinkt von dem vergifteten Wasser und schläft ein. Gabriele kommt aus dem Versteck, um den Dogen zu töten, doch Amelia kehrt zurück. Der Doge erwacht, und endlich erfährt Adorno, dass Boccanegra der Vater der vermeintlichen Amelia ist. Nun will Adorno die Seiten wechseln und in dem erneuten Aufstand, dessen Lärm bereits zu hören ist, für den Dogen kämpfen.
DRITTER AKT
Der Aufstand ist niedergeschlagen, im Palast hört man Vivat-Rufe auf den Dogen. Während Fiesco freigelassen wird, führt man Paolo zur Hinrichtung, weil er sich dem Aufstand angeschlossen hatte. Er gesteht Fiesco die Vergiftung des Dogen und auch die Entführung Amelias, im Hintergrund erklingt der Hochzeitsgesang für Amelia und Gabriele.
Ein Hauptmann verkündet den Befehl des Dogen, als Zeichen der Achtung der Toten des Aufstands die Lichter in der Stadt zu löschen.
Simon Boccanegra erscheint. Er fühlt ein inneres Brennen und wendet sich sehnsüchtig dem Meer zu. Jacopo Fiesco tritt ihm entgegen. Als Boccanegra ihn erkennt, bittet er Fiesco, ihm nun endlich zu vergeben, weil er ihm in Amelia Grimaldi seine Tochter Maria als Enkelin zurück geben kann. Fiesco weint und erklärt dem Dogen, dass er vergiftet wurde. Amelia und Gabriele kommen mit großem Gefolge hinzu. Boccanegra stellt Fiesco als Großvater seiner Tochter vor. Er segnet das junge Paar, bittet Fiesco und die Ratsherrn, Gabriele Adorno zu seinem Nachfolger zu ernennen, und stirbt. Fiesco ruft Adorno zum neuen Dogen aus. Alle beten um Frieden für den toten Simon Boccanegra.