Markus Lüpertz wurde 1941 im böhmischen Liberec geboren, 1948 flüchtete die Familie nach Rheydt im Rheinland. Zwischen 1956 und 1961 studierte Markus Lüpertz an der Werkkunstschule Krefeld sowie an der Düsseldorfer Kunstakademie. Seit 1961 arbeitet er als freischaffender Künstler. 1962 zog er nach Berlin und veröffentlichte 1966 dort ein »Dithyrambisches Manifest« unter dem Titel »Kunst, die im Wege steht«. 1968 realisierte er seine erste Ausstellung bei der Galerie Michael Werner in Berlin, der seither jährlich weitere Ausstellungen in Köln folgten. 1973 präsentierte die Staatliche Kunsthalle Baden-Baden eine erste Werkübersicht des Künstlers, im Jahr darauf organisierte er die 1. Biennale Berlin. Die 1975 gezeigte Ausstellung »Dithyrambische und Stil-Malerei« in der Kunsthalle Bern markiert den Beginn einer neuen Phase in der künstlerischen Entwicklung von Markus Lüpertz. 1977 begann er mit den »Stil-Bildern«, 1980 nahm der Zyklus »Alice im Wunderland« seinen Anfang. 1982 nahm Markus Lüpertz an der documenta 7 in Kassel teil; im selben Jahr gestaltete er am Staatstheater Kassel zu Rainer Kunads Oper »Vincent« sein erstes Bühnenbild. Eine Fortsetzung fand diese Arbeit 1991 mit Entwürfen für das Bühnenbild und die Kostüme zur Oper »Der Sturm« von Frank Martin am Theater Bremen sowie 1996 zu Verdis »Il trovatore« an der Deutschen Oper am Rhein Düsseldorf/Duisburg.
1984 entstand eine Bilderserie zum Thema »Pierrot lunaire«, in den mittleren 1980er Jahren begann zudem die Beschäftigung mit dem französischen Maler Camille Corot und die Auseinandersetzung mit antiken Themen. 1986 stellte Markus Lüpertz unter dem Titel »Belebte Formen und Kalte Malerei« Bilder und Skulpturen im Lenbachhaus München aus, im selben Jahr entstand seine »Zwischenraumgespenster«-Serie. Für die Kathedrale von Nevers fertigte er 1989/90 Kirchenfensterentwürfe an. Ab den 1990er Jahren realisierte Markus Lüpertz eine Reihe von Bilderserien, u. a. »Männer ohne Frauen ‒ Parsifal« (1993), »Otello« (1996), »Monte Santo« (1998), »Vanitas« (1999), »Vesper« (2000) sowie eine Serie von Landschaftsmotiven. Große Ausstellungen, darunter auch Retrospektiven, waren u. a. im Centre d’Art Contemporain in Meymac, im Museo Nacional Madrid, im Kunstmuseum Bonn, in der Städtischen Kunsthalle Mannheim, den Städtischen Kunstsammlungen Augsburg, Im Museum für Moderne Kunst Bozen, in der Kunstsammlung Nordrhein-Westfalen Düsseldorf, im Stedelijk Museum Amsterdam, in der Kunsthalle der Hypo-Kulturstiftung München, im IVAM Centre Julio Gonzales Valencia, in der Lowe Gallery Atlanta, in der Zeche Zollverein sowie regelmäßig in der Galerie Michael Werner Köln zu sehen. Für den Eingangsbereich des Bundeskanzleramts Berlin gestaltete Markus Lüpertz das Wandbild »Die sechs Tugenden« sowie die Bronzeskulptur »Die Philosophin«. Skulpturen von ihm wurden u. a. im Park von Schloss Bensberg, im Bundesgerichtshof Karlsruhe (»Adler«), auf dem Ursulinenplatz Salzburg (»Mozart ‒ Eine Hommage«), in Bamberg (»Apoll«), auf dem THS-Turm der Zeche Nordstern Gelsenkirchen (»Hercules«) und im Stadtgarten Bonn (»Hommage an Beethoven«) aufgestellt.
Neben seiner Tätigkeit als Maler und Bildender Künstler veröffentlichte Markus Lüpertz ab den mittleren 1970er Jahren mehrere Gedichtbände (»9 x 9«, »und ich spiele, ich spiele …«, »Ich stand vor einer Mauer aus Glas« sowie »Gedichte 1961–1983«) und andere schriftstellerische Arbeiten (»Tagebuch New York« 1984, »Bleiben Sie sitzen Heinrich Heine« u. a.). Zudem übt er eine umfangreiche Lehrtätigkeit aus, beginnend mit einer Gastdozentur an der Staatlichen Akademie der Bildenden Künste Karlsruhe, wo er von 1976 bis 1987 eine Professur innehatte. 1986 wurde er an die Staatliche Kunstakademie Düsseldorf berufen, der er von 1988 bis 2009 als Rektor vorstand.
Markus Lüpertz, Träger zahlreicher Preise und Auszeichnungen, lebt und arbeitet in Berlin, Düsseldorf und Karlsruhe.