Der deutsch-italienische Operndramaturg und Regisseur übernahm bereits während des Studiums der Angewandten Theaterwissenschaft in Gießen Regie- und Dramaturgie-Hospitanzen an der Oper Frankfurt, u. a. beim Frankfurter »Ring« unter Gielen/Berghaus. Mit Andrea Breth steht er seit ihrem Salzburger »Eugen Onegin« 2007, den er dramaturgisch begleitete, in künstlerischem Austausch. An der Staatsoper Stuttgart inszenierte er mit dem vom Schauspiel kommenden Regisseur Jossi Wieler u. a. »L’italiana in Algeri«, »Alcina«, »L’incoronazione di Poppea«, »Siegfried«, »Norma«, »Moses und Aron«, »La juive« sowie »Katja Kabanowa«. Ihre Inszenierung von »Ariadne auf Naxos« bei den Salzburger Festspielen 2001 wurde zur »Aufführung des Jahres« gekürt. Ihre in San Francisco und Stuttgart erarbeitete Inszenierung von Busonis »Doktor Faust« wurde 2005 als »Aufführung des Jahres« ausgezeichnet. Ihre Stuttgarter »Alceste« erhielt diese Auszeichnung 2006 und ihre Stuttgarter »La Sonnambula« 2012. Sergio Morabito leitete Neueinstudierungen der Stuttgarter »Norma« 2005 an der Novaya Opera in Moskau und 2014 am Teatro Massimo in Palermo; 2017 wurde diese Inszenierung an das Grand Théâtre de Génève übernommen. Die für die Staatsoper Hannover erarbeitete Debussy-Oper »Pelléas et Mélisande« gastierte bei den Wiener Festwochen und beim Edinburgh International Festival und wurde ins Repertoire der Oper Stuttgart übernommen. An der Nederlandse Opera Amsterdam zeigten Jossi Wieler und Sergio Morabito Mozarts »Lucio Silla« und einen Mozart/Da Ponte-Zyklus. Für die Salzburger Festspiele 2008 erarbeiteten sie Dvořáks »Rusalka«. Ihr »Un ballo in maschera« an der Staatoper Unter den Linden 2008 ging 2014 auch an die Canadian Opera Company Toronto. Wieler und Morabito wurden 2002 und 2012 zum »Regieteam des Jahres« gewählt und erhielten 2006 und 2012 den Deutschen Theaterpreis DER FAUST für die Inszenierungen von Busonis »Doktor Faust« und des Schönberg/Janáček-Doppelabends »Die glückliche Hand«/»Schicksal (Osud)«.
Sergio Morabito publizierte zahlreiche Beiträge in Fachzeitschriften, Sammelbänden und Programmheften, lehrte an theater- und literaturwissenschaftlichen Studiengängen der Universitäten Frankfurt, Leipzig und Stuttgart und ist Mitglied der Deutschen Akademie der Darstellenden Künste. 2011 veröffentlichte er gemeinsam mit Jossi Wieler und dem Fotokünstler A. T. Schaefer das »Bilder-Lese-Buch« OPER. Seit 2011/12 war er Chefdramaturg im Leitungsteam der Oper Stuttgart. Jossi Wieler und Sergio Morabito inszenierten hier seither exklusiv zwei Opernproduktionen pro Saison, die immer wieder mit Preisen ausgezeichnet wurden; so erhielt ihre Inszenierung von Edison Denisovs »Der Schaum der Tage« den International Djaghilev Award 2013 als Beste Opernproduktion, »Berenike, Königin von Armenien« von Niccolò Jommelli wurde 2014 zur »Ausgrabung des Jahres«. In der Spielzeit 2015/16 folgten die Neuinszenierungen von Beethovens »Fidelio« und von Bellinis »Die Puritaner«. 2016/17 inszenierte das Regieduo Händels »Ariodante« und Tschaikowskys »Pique Dame«. Unter Wieler und Morabitos Leitung wurde die Oper Stuttgart zum »Opernhaus des Jahres 2016« gewählt. Die Beiden verabschiedeten sich in der Saison 2017/18 mit »Don Pasquale« sowie der Uraufführung »Erdbeben. Träume« von Toshio Hosokawa und Marcel Beyer vom Stuttgarter Publikum. 2020 wechselt Sergio Morabito als Chefdramaturg mit der neuen Direktion der Wiener Staatsoper unter Bogdan Roščić nach Wien.