Der im belgischen Ostende geborene Thomas Baeté studierte sein Instrument, die Viola da gamba, in Brüssel und Barcelona bei Wieland Kuijken und Sophie Watillon und nahm an Meisterkursen von Jordi Savall und Paolo Pandolfo teil. Sowohl an der Gambe als auch an mittelalterlichen Fideln tritt er regelmäßig in Konzerten mit Ensembles wie Mala Punica (Pedro Memelsdorff), der Capilla Flamenca (Dirk Snellings) und Graindelavoix (Björn Schmelzer) auf. Einladungen erhielt er außerdem von den Barockorchestern La Petite Bande (Sigiswald Kuijken), Collegium Vocale (Philippe Herreweghe) et Les Agrémens. Außerdem ist er Mitglied in zwei Gambenensembles: im niederländischen Quartett The Spirit of Gambo und Romina Lischkas Hathor Ensemble.
2010 gründete er sein eigenes Vokal- wie Instrumentalensemble ClubMediéval, das auf Repertoire des ausgehenden Mittelalters spezialisiert ist. Mit seinem zweiten Ensemble Transports Publics geht er seiner Leidenschaft für die Kammermusik des 17. Jahrhunderts nach. Seine Konzertaktivität führte ihn in über 20 verschiedene europäische Länder sowie nach Marokko, Peru, Kolumbien, USA, Kanada, Georgien und Japan. Neben Konzerten trat er auch in den Tanztheaterstücken »Foi« von Sidi Larbi Cherkaoui und »En atendant« von Anne Teresa De Keersmaeker als Musiker in Erscheinung.
Er unterrichtet Viola da gamba und Repertoire des Mittelalters in Leuven, Brüssel und im Ausland. Am Conservatoire royal in Brüssel ist er Lehrbeauftragter für Improvisation in Alter Musik.