Die Sopranistin wirkte u. a. an zeitgenössischen Musiktheaterwerken wie Wolfgang Rihms eigens für sie geschriebenem Monodrama »Proserpina«, der Weltpremiere von Rodion Shchedrins »Kleopatra und die Schlange« sowie der Uraufführung von »South Pole« mit. Ihr Debüt an der Staatsoper Unter den Linden gab sie in der Uraufführung von »Takemitsu – My Way of Life« unter der Leitung von Kent Nagano. Über zeitgenössisches Musiktheater hinaus gehören zu ihrem Repertoire u. a. Partien wie die Zerlina in »Don Giovanni«, die Titelrolle in Alban Bergs »Lulu« sowie die Marzelline in Beethovens »Fidelio«. Mojca Erdmann gastierte bereits an namhaften Häusern wie der Bayerischen Staatsoper, dem Theater an der Wien, dem Teatro alla Scala in Mailand und dem Gran Teatre del Liceu in Barcelona. An der De Nationale Opera in Amsterdam war sie u. a. als Blondchen in Mozarts »Die Entführung aus dem Serail« zu hören. Ihr Debüt bei den Salzburger Festspielen gab sie in der Titelpartie von Mozarts »Zaide«. Im Rahmen der Festspiele sang sie 2013 eine Reihe von Weltpremieren mit dem Scharoun Ensemble. Sie ist ein häufiger Gast in renommierten Konzertsälen wie der Kölner Philharmonie, der Alten Oper Frankfurt, wo sie von 2012 bis 2013 Ensemblemitglied war, der Schubertiade in Schwarzenberg, dem Concertgebouw in Amsterdam und der Jones Hall der Houston Symphony. Sie trat u. a. mit den Berliner Philharmonikern, den Wiener Symphonikern, dem Chamber Orchestra of Europe und dem Danish National Symphony Orchestra auf.