Jürgen Maehder wurde 1950 in Duisburg geboren. Er absolvierte ein Studium der Musikwissenschaft (bei Thrasybulos Georgiades und Stefan Kunze), Komposition (bei Günter Bialas), Philosophie (bei Arnold Metzger), Theaterwissenschaft (bei Klaus Lazarowicz) und Opernregie (bei August Everding) in München und Bern. 1977 wurde er an der Universität Bern mit der Dissertation »Klangfarbe als Bauelement des musikalischen Satzes – Zur Kritik des Instrumentationsbegriffes« promoviert.
Anschließend wirkte Maehder als Assistent am Deutschen Historischen Institut in Rom und als Assistent an der Universität Bern. Er bekleidete Professuren für Musikwissenschaft an der University of North Texas (Denton/TX) und an der Cornell University (Ithaca/NY). 1989 wurde er als Nachfolger von Rudolf Stephan Professor für Musikwissenschaft an der Freien Universität Berlin. In Berlin gründete Maehder 1989 das Puccini-Research-Center. Seit 1990 ist er auch Vorsitzender des wissenschaftlichen Beirats des Fondo Leoncavallo in Locarco/Tessin. Nachdem er seit 1973 auch als Regieassistent an der Hamburgischen Staatsoper, an der Bayerischen Staatsoper sowie an italienischen Theatern gewirkt hatte, inszenierte er 1996 Giuseppe Verdis »Rigoletto« am Hawai'i Opera Theatre in Honolulu.
Seine Veröffentlichungen erfolgten primär zur Operngeschichte des 19. und 20. Jahrhunderts in Italien, Frankreich und Deutschland, zur Librettogeschichte des 18. bis 20. Jahrhunderts, zur Inszenierungsgeschichte des Musiktheaters, zu italienischen Opernkomponisten des Ottocento, den Veristen sowie zur Geschichte der Instrumentation und Klangfarbenkomposition und zur Musikästhetik. Maehder organisierte Tagungen über Giacomo Puccini, Ruggero Leoncavallo, Giacomo Meyerbeer, Giuseppe Verdi und Gasparo Spontini in Italien, Deutschland, Österreich, in der Schweiz sowie in Taiwan und ist gerngesehener Gastredner und Teilnehmer an Konferenzen und Tagungen auf der ganzen Welt.