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Martin Zehetgruber absolvierte sein Bühnenbildstudium an der Universität für Musik und darstellende Kunst Graz. 1989 gründete er gemeinsam mit Martin Kušej die Produktionsgemeinschaft „MY FRIEND MARTIN“. Es folgten Arbeiten an Häusern wie dem Staatstheater Stuttgart, dem Thalia Theater Hamburg, dem Deutschen Schauspielhaus Hamburg, dem Schauspielhaus Zürich, der Volksbühne Berlin, den Münchner Kammerspielen, dem Residenztheater München, den Salzburger Festspielen, der Ruhrtriennale und dem Burgtheater Wien. Im Bereich der Oper arbeitet er an internationalen Häusern wie der Opéra national de Paris, dem Gran Teatre del Liceu in Barcelona, La Monnaie in Brüssel, De Nationale Opera in Amsterdam, dem Opernhaus Zürich, dem Teatro San Carlo in Neapel, der Bayerischen Staatsoper in München, der Staatsoper Unter den Linden, den Salzburger Festspielen, dem Festival d’Aix-en-Provence und dem Teatro Real in Madrid – u. a. mit Dirigenten wie Kent Nagano, Nikolaus Harnoncourt, Mariss Jansons und Daniel Barenboim. Zu seinen wichtigsten Arbeitspartner:innen unter den Regisseur:innen zählten und zählen Hans Kresnik, Stephan Kimmig, Jossi Wieler, Guy Joosten, Andrea Breth und Barbara Frey sowie Martin Kušej, mit dem ihn seit Beginn eine enge Zusammenarbeit verbindet. Seine Arbeiten wurden mehrfach ausgezeichnet.
Im Jahr 2001 erhielt Martin Zehetgruber die Berufung zum Professor des Fachbereichs Bühnenbild an der Staatlichen Akademie der Bildenden Künste Stuttgart und entwarf für die 2008 in Ludwigsburg neu gegründete Akademie für Darstellende Kunst Baden-Württemberg den Theaterturm.