Annika Haller studierte Bildhauerei an der Accademia di Belle Arti in Bologna, Italien, und den Masterstudiengang Dramaturgie an der Universität Frankfurt a. M. Seit 2001 ist sie freiberuflich als Regisseurin, Dramaturgin, Bühnenbildnerin und bildende Künstlerin tätig. Seit 2013 verbindet sie eine Zusammenarbeit mit der Regisseurin Elisabeth Stöppler bei »Dialogues des Carmélites« von Francis Poulenc (2016), »Mord an Mozart« an der Staatsoper Berlin (2016), »Médée« von Luigi Cherubini(2015) und »Simplicius Simplicissimus« von Karl Amadeus Hartmann (2014) am Staatstheater Mainz, »Récitations« von Georges Aperghis (2013) in der Werkstatt/Staatsoper Berlin im Schillertheater. Dort war sie 2013 ebenso für die Produktion »Rotkäppchen« von Georges Aperghis für Regie und Bühnenbild verantwortlich.
Seit 2008 arbeitet sie ebenfalls eng mit dem Regisseur Tilman Knabe zusammen, für den sie die Ausstattungen u. a. bei »Peter Grimes« von Benjamin Britten an der Oper Dortmund (2016), »Ariadne auf Naxos« (2010) für das Festival »Cantiere Internationale d'arte di Montepulciano« und »Elektra« von Richard Strauss (2012) am Staatstheater Mainz übernahm.
Als Dozentin hat sie für die Musikakademie Kassel (2000–2003), die Hochschule für Musik und darstellende Kunst Frankfurt a. M. (2007) und von 2005 bis 2009 an der Akademie für bildende Künste Wien in der Meisterklasse für Szenografie von Erich Wonder gearbeitet. Assistenzen und eigene Arbeiten führten sie u. a. nach London (Royal Opera House Covent Garden), Mailand (Teatro alla Scala), Paris (Palais Garnier und Théâtre du Châtelet), zu den Salzburger Festspielen, nach Linz (Landestheater), Madrid (Teatro Real), Japan (Tokio Bunka Kaikan, National Opera Tokio und Saito Kinen Festival in Matsumoto), München (Bayerische Staatsoper) und Dresden (Semperoper). 2016 arbeitete sie mit dem Kinderopernhaus Lichtenberg für die Produktion »Es liegt in der Luft« (Regie und Bühne) von Mischa Spoliansky zusammen. In der Spielzeit 2016/17 stehen die Neuproduktionen »Mathis der Maler« von Paul Hindemith mit Elisabeth Stöppler am Staatstheater Mainz sowie das Jugendmusical »Beethoven’s last night« an der Oper Dortmund geplant.