Panja Mücke studierte Musikwissenschaft, Neuere deutsche Literatur und Medienwissenschaft in Marburg/L. und promovierte 2000 mit der Arbeit »Johann Adolf Hasses Dresdner Opern im Kontext der Hofkultur« (ausgezeichnet mit dem Marburger Universitätspreis). 2000–2010 war sie Wissenschaftliche Mitarbeiterin / Assistentin an den Universitäten Bayreuth, Bonn und Marburg. Die Habilitation erfolgte 2008 mit der Studie »Musikalischer Film – Musikalisches Theater. Medienwechsel und Szenische Collage bei Kurt Weill«. 2010–2015 nahm sie Lehrstuhl-Vertretungen in Münster, Marburg und Bonn sowie eine Gastprofessur an der Universität Wien wahr. Von 2012–2016 leitete sie ein von der DFG gefördertes Forschungsprojekt zur Wiener Hofkultur unter Kaiser Karl VI. Seit 2015 ist sie Professorin für Historische Musikwissenschaft an der Hochschule für Musik und Darstellende Kunst Mannheim.