Boris Anifantakis studierte in Essen und Hamburg Kirchenmusik und Dirigieren. Anschließend führten ihn Festengagements als Korrepetitor und Kapellmeister nach Detmold, Linz und Nürnberg.

Während seiner Tätigkeit als Opern- und Konzertdirigent arbeitete er u. a. mit dem Bruckner Orchester Linz, den Hamburger Symphonikern, dem Orchestra di Teatro Lirico di Cagliari sowie den Posener und Danziger Philharmonikern zusammen. Zudem leitete er Aufführungen bei den Schweriner Schlossfestspielen, dem Rheingau Musikfestival und dem Musica Sacra Festival in Paderborn und war mehrere Jahre lang als Korrepetitor und Assistent bei den Salzburger Festspielen tätig. 

2002 nahm Boris Anifantakis einen Lehrauftrag für Klavierbegleitung und Korrepetition an der Hochschule für Musik in Detmold an.
2007 ergab sich für ihn die Gelegenheit, das von Daniel Barenboim ins Leben gerufene und durch die Liz Mohn Kultur- und Musikstiftung geförderte Internationale Opernstudio der Staatsoper Berlin zu leiten und entscheidend mitzugestalten.
Diese Aufgabe ermöglichte ihm, sich noch intensiver auf die Ausbildung und Förderung junger Sängerinnen und Sänger zu konzentrieren. Inzwischen ist Boris Anifantakis ein international gefragter Sängercoach.