Fabian Schäfer stammt aus Weimar. Er studierte an der Hochschule für Musik und Theater Hannover, der Royal Academy of Music London und an der Hochschule für Musik und Theater Rostock. Erste Orchestererfahrungen sammelte er als Solo-Oboist im European Union Youth Orchestra. Während seines Studiums war er Stipendiat der Studienstiftung des Deutschen Volkes und des DAAD. Darüber hinaus wurde er mit einem Stipendium des Deutschen Musikrates gefördert. Mit verschiedenen Ensembles des Deutschen Musikrates trat er in Deutschland, den USA und Indien in zahlreichen Kammerkonzerten auf. Fabian Schäfer war Mitglied der Orchesterakademie bei der Staatskapelle Berlin. Seit 2005 ist er als Solo-Oboist an der Staatskapelle Berlin tätig. 2006 wurde er zum Associate of the Royal Academy of Music London (ARAM) ernannt.