Nach ihrer Ausbildung in Paris bei Jean-Laurent Cochet war Isabel Karajan zunächst Ensemblemitglied am Thalia Theater in Hamburg unter der Intendanz von Jürgen Flimm, ehe George Tabori sie an sein Theater »Der Kreis« nach Wien holte. Dank ihrer französischen Muttersprache erhielt die Schauspielerin auch Engagements in Frankreich. Außerdem spielte sie in Adelaide und Buenos Aires sowie an der Schaubühne Berlin, an den Münchner Kammerspielen und am Schauspielhaus Stuttgart. Sie arbeitete mit Regisseuren wie Jürgen Gosch, Thomas Langhoff, Jorge Lavelli, Klaus Michael Grüber und Dirigenten wie Kent Nagano, Seiji Ozawa, Semyon Bychkov, Serge Baudo, Christian Thielemann und Jeffrey Tate zusammen. In Film und Fernsehen stand sie unter Regisseuren wie Wolfgang Murnberger, Holger Barthel, Nina Companéez, Alain-Michel Blanc, Erhard Riedlsperger, Michi Riebl, Rupert Henning und Patricia Mazuy vor der Kamera. Gemeinsam mit dem Regisseur Klaus Ortner entwickelt Isabel Karajan eigene Konzepte für Musik-Theater-Aufführungen. Bei den Osterfestspielen Salzburg 2015 zeigte sie die szenische Collage »Fräulein Tod trifft Herrn Schostakowitsch«, zudem war sie die Erzählerin in Prokofjews »Peter und der Wolf«. Unter der Regie von Julian Pölsler entstand »Die Feuerprobe« mit Gedichten von Christine Lavant und Schostakowitschs Cellokonzert sowie mit der Regisseurin Christina Pfrötschner ein Projekt zum »Sommernachtstraum«.