Marie-Claude Chappuis studierte am Konservatorium ihrer Geburtsstadt Freiburg (Schweiz) und am Mozarteum in Salzburg. Zu den prägenden Produktionen ihrer Karriere gehören »Idomeneo« (Idamante) unter Nikolaus Harnoncourt, Paisiellos »Il matrimonio inaspettato« (Contessa) bei den Salzburger Festspielen unter Riccardo Muti, »La damnation de Faust« (Marguerite) unter Sir Roger Norrington und »L'incoronazione di Poppea« (Ottavia) an der Staatsoper Unter den Linden und am La Monnaie in Brüssel. Außerdem sang sie am Theater an der Wien, am Teatro alla Scala di Milano, am Teatro Real Madrid, an der Theater St. Gallen und am Grand Théâtre de Genève.
Im Rahmen ihrer Konzerttätigkeit trat sie mit dem Orchestre de la Suisse Romande, dem Giardino Armonico, dem New Japan Philharmonic, dem London Philharmonic Orchestra und dem Orchester des Maggio Musicale Fiorentino auf.
Ihre umfangreiche Diskographie umfasst die Matthäus-Passion unter der Leitung von Riccardo Chailly, »La Clemenza di Tito« mit René Jacobs, »Idomeneo« mit Nikolaus Harnoncourt, Telemanns Brockes-Passion und Mozarts Requiem mit René Jacobs, Beethovens Neunte Symphonie mit Giovanni Antonini sowie ein Soloalbum mit dem Lautenisten Luca Pianca (»Sous l'empire d'amour«) und ein Album mit Schweizer Volksliedern (»Au cœur des Alpes«). In Vorbereitung ist Bachs h-Moll-Messe mit der Akademie für Alte Musik Berlin, dem RIAS Kammerchor und René Jacobs.