Thomas Guggeis studierte Dirigieren in Mailand und München und belegte Meisterkurse bei Gianandrea Noseda, Wladimir Michailowitsch Jurowski und Alexander Liebreich. Bei den Salzburger Festspielen assistierte er Franz Welser-Möst bei der Neuproduktion von »Die Liebe der Danae« (2016) und Aribert Reimanns »Lear« (2017). Er dirigierte Opernvorstellungen am Badischen Staatstheater Karlsruhe und an der Kammeroper München und arbeitet im sinfonischen Bereich mit Orchestern wie den Münchner Symphonikern, dem Orchestra Sinfonica di Milano Giuseppe Verdi, der Bad Reichenhaller Philharmonie und dem Münchener Kammerorchester zusammen. 2016-18 war Thomas Guggeis als Assistent von Daniel Barenboim an der Staatsoper Berlin Unter den Linden tätig. In dieser Saison dirigiert er »Der Freischütz«, »Hänsel und Gretel« und »Die Zauberflöte«. Sein kurzfristiges Einspringen für Christoph von Dohnányi im März 2018 in der Neuproduktion von »Salome« an der Staatsoper Berlin sorgte international für Aufsehen. Mit der Spielzeit 2018/19 tritt er sein Amt als Kapellmeister an der Staatsoper Stuttgart an und dirigiert hier Vorstellungen von »Il barbiere di Siviglia«, »La Bohéme« und »Der Prinz von Homburg«.